目的　探索手足口病患儿肠道菌群结构特征,了解肠道菌群与疾病的相关性.　方法　收集手足口病住院患儿32例和健康儿童14例粪便样本,提取肠道菌群总脱氧核糖核酸(　DNA)　,16SrDNA-V3区聚合酶链反应(　PCR)扩增,利用变性梯度凝胶电泳(　DGGE)分子指纹图谱和测序技术,分析手足口病患儿肠道菌群组成结构、多样性、相似性等生态学特征.　结果　手足口病患儿与健康儿童相比,DGGE指纹图谱的条带数和Shannon-Wiener指数均显著降低(t=3.92,P＜0.05;t=3.24,P＜0.05),肠道菌群多样性降低;比较两组相似性系数和相似性系数累积曲线,手足口病患儿组内相似性降低(Z=-9.12,P＜0.05),菌群结构更趋不同;优势条带切胶测序结果表明,手足口病患儿以厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门为主,肠道优势菌属可能发生变化.结论　手足口病患儿肠道菌群结构、组成发生变化,疾病的发生与肠道菌群具有一定的相关性.