一种细长复合材料的损伤检测系统及其检测方法，细长复合材料的损伤检测系统，包括测量细长复合材料模态振型的测量装置、傅立叶模态曲率计算模块和判断模块，所述模态振型测量装置包括用于敲击所述细长复合材料上间隔h均匀分布的测量点的力锤、测量所述测量点的加速度的加速度传感器以及模态振型测量模块，连接所述加速度传感器的所述模态振型测量模块基于所述加速度生成模态振型(W＜sub＞X＜/sub＞)，所述傅立叶模态曲率计算模块通过公式(F1)计算得到傅立叶模态曲率(w″＜sub＞x＜/sub＞)，所述判断模块连接所述傅立叶模态曲率计算模块，如果所述傅立叶模态曲率(w″＜sub＞x＜/sub＞)大于预定阈值，所述判断模块判定所述傅立叶模态曲率(w″＜sub＞x＜/sub＞)大于预定阈值的测量点为损伤位置。