本发明公开了一种基于同步整流Buck-Boost双向DC/DC变换器的复合电源控制系统，包括电机、与电机相连的电机控制器以及与电机控制器分别相连的蓄电池、超级电容，蓄电池在与功率开关相连后接入电机控制器，超级电容与双向DC/DC变换器相连后接入电机控制器，所述功率开关包括并联的两个P沟道MOS管，双向DC/DC变换器包括四个N沟道MOS管以及一个储能电感，四个N沟道MOS管两两组成半桥结构，储能电感的两端分别接于两半桥结构的中间，其中第一半桥与功率开关的一端相连，功率开关的另一端与蓄电池的一极相连，第一半桥的另一端与蓄电池的另一极相连，蓄电池的另一极与超级电容的的一极相连，第二半桥与超级电容并联，PWM脉冲加在变换器N沟道MOS管的栅极。本发明不仅能够进行大功率放电，改善电动汽车起动、加速、爬坡性能，延长蓄电池使用寿命；还能够进行大功率充电，快速回收车辆再生制动时的能量，提高电动汽车的一次充电续驶里程。