BACKGROUNDThe　forkhead　box　F2　gene　(FOXF2)　located　in　chromosome　6p25.3　has　been　shown　to　play　a　crucial　role　in　palatal　development　in　mouse　and　rat　models.　To　date,　no　evidence　of　linkage　or　association　has　been　reported　for　this　gene　in　humans　with　oral　clefts.　METHODSAllelic　transmission　disequilibrium　tests　were　used　to　robustly　assess　evidence　of　linkage　and　association　with　nonsyndromic　cleft　lip　with　or　without　cleft　palate　for　nine　single　nucleotide　polymorphisms　(SNPs)　in　and　around　FOXF2　in　both　Asian　and　European　trios　using　PLINK.　RESULTSStatistically　significant　evidence　of　linkage　and　association　was　shown　for　two　SNPs　(rs1711968　and　rs732835)　in　216　Asian　trios　where　the　empiric　P　values　with　permutation　tests　were　0.0016　and　0.005,　respectively.　The　corresponding　estimated　odds　ratios　for　carrying　the　minor　allele　at　these　SNPs　were　2.05　(95%　confidence　interval　=　1.41,　2.98)　and　1.77　(95%　confidence　interval　=　1.26,　2.49),　respectively.　CONCLUSIONOur　results　provided　statistical　evidence　of　linkage　and　association　between　FOXF2　and　nonsyndromic　cleft　lip　with　or　without　cleft　palate.　Birth　Defects　Research　(Part　A)　103:857-862,　2015.　(c)　2015　Wiley　Periodicals,　Inc.